Hipatia nació en Alejandría alrededor del 360. Su padre era Teón, un célebre matemático, y su madre es toda una incógnita. Hipatia estudió en la escuela neoplatónica alejandrina, donde fue alumna de Heriocles de Alejandría, además, en sus tiempos libres acudía a clases de remo e hípica. Un filósofo pagano del siglo VI llamado Damascio afirmó que Hipatia ere noble, justa, sabia, que nació, creció y murió en Alejandría y que se mantuvo toda la vida virgen, aunque otras fuentes afirman que tuvo un marido, el filósofo Isidoro, el cual era uno de sus muchos alumnos que iban desde toda la costa del Mediterráneo a Alejandría para pedirle consejo a Hipatia, el más destacado y con el que más relación tuvo Hipatia fue Sinesio de Cirene, quien dejó mucha información sobre ella en cartas. Con lo cual, podemos saber que la alejandrina se dedicó a la enseñanza, además, se convirtió en líder de los neoplatónicos alejandrinos.
Su reputación la llevó a ser consejera de Orestes (prefecto romano), por esto, se vió envuelta en las luchas internas por el control político de Alejandría.
Teófilo era el arzobispo de Alejandría, y estaba en contra del neoplatonismo jámblico, por lo que empezó a apoyar a Hipatia, gracias al apoyo de Teófilo, Hipatia se convirtió en una personalidad muy popular e influyente. Cuando Cirilo (que no había sido abiertamente designado sucesor) sucede a Teófilo y se convierte en arzobispo entra en una disputa con Orestes por el control máximo de la ciudad, Cirilo estaba a favor de que la iglesia tuviera el control máximo, en cambio, Orestes apostaba por la política. Hipatia aconsejaba a Orestes, así que Cirilo empezó a esparcir rumores malos sobre ella, por lo que, finalmente, fue asesinada en marzo del 415 en Alejandría. Sócrates Escolástico comentó en sus trabajos que un grupo de cristianos asaltó el carruaje en el que Hipatia regresaba a su hogar, cuando la capturaron la llevaron a un antiguo templo cristiano, donde la arrojaron piedras y la desmembraron hasta matarla.